至元二十一年甲申吉日前后，江南行省的漕粮筹备已进入收尾阶段，负责此事的漕运万户府，会提前梳理各州县上报的糙米清单，核对每一批粮的出仓时间与运输路线，像平江路的太仓，会安排专门的粮官检查粮袋的缝制密度，避免运输途中漏撒，这个阶段还要协调沿江的码头管理，提前划定漕船的停靠区域,防止后续船只拥堵。
漕船编组时，会按粮袋重量分成不同的组，每组配一名熟悉水性的船工负责调度，每组的粮袋数量固定在一百二十袋左右，既不会让船身过重影响航行，也能提高单次运输的总量，船工们会提前检查船帆的牢固度，在吉日当天的清晨升起主帆，借助东风加快航速，同时在船舷两侧绑上防浪板,应对长江口的小风浪。
漕船途经扬州、淮安的关卡时，会提前出示由行省加盖印信的漕运文书，关卡的兵卒会核对文书上的粮数与实际装载量是否一致，遇到雨天，会在粮袋上额外加盖一层油布，防止粮食受潮发霉，路过运河的狭窄河段时，会安排岸边的纤夫协助拉船，避免船只搁浅，纤夫的工钱会由漕运万户府提前拨给沿途的驿站,不用临时结算。
漕船抵达大都的通州码头后，会按批次停靠在指定的卸粮区，卸粮的兵卒会提前备好竹制的扁担与箩筐，按每筐二十斤的标准分装粮食，交接时，会由光禄寺的官员现场抽查粮质，检查是否有虫蛀或霉变的情况，不合格的粮袋会直接退回原船，这个阶段要注意，卸粮的速度要控制在每天二十船左右，避免码头出现堆积。
至元二十一年甲申吉日的漕粮运输，每一个环节都有明确的实操标准，只要按步骤落实,就能顺利完成江南粮到京城的转运。